5.12汶川地震发生后，地震灾区的通讯、交通、电力瘫痪，山区道路严重损毁、滑坡、堰塞湖等次生灾害发生，救援人员地面无法进入，灾情不明已成为指挥抗震救灾工作的瓶颈。西南交通大学应国家遥感应用工程技术研究中心紧急请求，派出了秦军教授代表西南交通大学与中国科学院、电子科技大学等5单位联合组成“汶川地震低空遥感监测组”，为抗震救灾提供震区灾情遥感信息。

灾情就是命令，时间就是生命。2008年5月14日，汶川地震低空遥感监测组在成都集结。由于时间紧迫，秦军教授来不及向家人告别，匆匆赶到了指定地点。在完成飞行准备工作后，已是夜里12点钟，但强烈的责任心使秦军教授不能安然入睡。在科学分析遥感的图像以后，15日凌晨2点，秦军教授与汶川地震低空遥感监测组其他专家不顾疲劳，迅速赶到四川省地震局汇报了震灾发生后最新的灾区遥感信息，分析重灾区现状和信息需求，主动请缨开展地震灾区灾情与次生灾害的无人机低空遥感。在四川省地震局指挥安排下，5月15日凌晨6点，秦军教授与汶川地震低空遥感监测组自成都出发前往重灾区之一的绵阳市汉旺镇，开始了14天废寝忘食的低空遥感监测。

从5月15日至5月26日，在四川省抗震救灾指挥部指挥下、在四川省科技厅，绵阳市、什邡市、德阳市抗震救灾指挥部、安县水务局抗震救灾指挥部和武警总队绵阳支队、陆航团的支持与配合下，秦军教授和其他专家先后深入到汉旺镇、洛水镇、桑枣镇、擂鼓镇、北川县城等重灾区，完成了重灾区北川县城、唐家山堰塞湖及湔江流域，青川地区青竹河流域，平武地区三洞水，都江堰沿岷江流域直至茂县，绵竹市绵远河流域，安县茶坪河，安县白水河流域的堰塞湖、滑坡等次生灾害的低空遥感飞行。前后获取图像6500余幅。为了以最快的速度将遥感图像记录的灾情信息提交到抗震救灾指挥部，他们采取白天飞行、晚上回到大本营处理图像的连续作业模式。低空遥感图像在计算机里镶嵌解译后，随即出图交到四川省抗震救灾指挥部，清晰的大比例尺的低空遥感图像受到了指挥部的高度评价，为温家宝总理亲自指挥抗震救灾工作提供了重要依据。中央电视台报道他们的工作 “系统地、全面地获取了灾区的堰塞湖信息…”。

秦军教授和其他专家们一样，从5月17日至5月26日的遥感工作中，每天只能睡3、4个小时。后来，由于大量物资空运，空域越来越少，为了利用早晨7点钟以前的时间窗口进行无人机遥感，他从18日凌晨4时到19日晚上10点，连续40个小时没有睡觉，顺利完成了茶坪河流域堰塞湖的2次遥感。

秦军教授除白天参加现场飞行，晚上回到大本营还要指导青年教师和研究生对白天拍摄的遥感图像做镶嵌处理和解译工作。工作经常是通宵达旦，只能利用坐在车上去灾区的乘车时间打个旽。在5月19日夜间，成都全城绝大多数居民离开住房避震时，秦军教授和监测组的其他专家仍然在电子科技大学4楼的会议室里处理图像，彻夜未眠。为了不给灾区人民增加负担，在灾区遥感飞行期间，早上、中午吃的是自带的面包和矿泉水，晚上回到大本营为了抢时间处理图像，有时连吃盒饭的时间都顾不上。

秦军教授在汶川地震抗震救灾中不怕困难，冒着余震和堰塞湖溃决的危险，发挥自己的专长和优势，科学设计，精心工作，科学救灾。体现了工人阶级特别能吃苦、特别能战斗、特别能奉献的崇高精神。表现出一名共产党员的风采。

中央电视台，中国新闻网，新浪网等媒体都对他们的工作事迹作了专题报道。